Johann von Brandenburg-Küstrin, der jüngere Sohn des Kurfürsten Joachim I. Nestor von Brandenburg, wurde am 3. August 1513 in eine Zeit des Umbruchs und der politischen Spannungen hineingeboren. Nach dem Tod seines Vaters am 11. Juli 1535 wurde das Erbe zwischen seinen beiden Söhnen aufgeteilt. Während sein älterer Bruder Joachim II. Hektor Markgraf und Herzog von Brandenburg wurde, erhielt Johann die Neumark sowie die bedeutende Gebiete wie Dramburg, Schivelbein und Cottbus mit Peitz. Die Bewohner nannten ihn liebevoll: Hans von Küstrin.
Ab 1536 regierte Johann eigenständig über seine etwa 12.500 km² großen Territorien. Bereits 1535 erhob er Küstrin zu seiner Residenz und begann mit dem Ausbau der Stadt zu einer Festung. Im Gegensatz zu seinem prunkliebenden Bruder war Johann für seine tief religiöse Haltung und seinen ökonomisch-politischen Verstand bekannt. Er setzte sich mit großer Tatkraft dafür ein, seine Markgrafschaft wirtschaftlich zu stabilisieren und militärisch zu sichern.
Im Alter von 24 nahm Hans 1537 die 5 Jahre jüngere Katharina von Braunschweig (1518–1574) zur Frau. Aus dieser Ehe entstammten zwei Töchter: Elisabeth (1540 - 1578) und Katharina (1549 - 1602).
Mit seinem Regierungsantritt konvertierte Johann zum Protestantismus und trat 1538 dem Schmalkaldischen Bund bei, einer Allianz protestantischer Fürsten. Doch aufgrund von familiären Interessenkonflikten entschied er sich im Schmalkaldischen Krieg, auf die Seite des römisch-deutschen Kaisers Karl V. zu treten. Diese Entscheidung brachte ihm die Zusicherung der freien Religionsausübung in der Neumark ein, doch Johann hegte auch Ambitionen auf das Herzogtum Pommern, die jedoch unerfüllt blieben.
Ein entscheidender Moment in Johanns Leben war der Reichstag zu Augsburg im Jahr 1548, wo er in Konflikt mit Karl V. geriet. Johann lehnte das Augsburger Interim ab und weigerte sich, an der Fronleichnamsprozession teilzunehmen, was ihn in Ungnade beim Kaiser brachte. Nur durch die Fürsprache von König Ferdinand I. und die Rücksichtnahme auf seinen Bruder entging er einer Gefangenschaft. Nach seiner Rückkehr versetzte Johann seine Markgrafschaft in den Verteidigungszustand und plante eine antihabsburgische Allianz, die jedoch nicht zustande kam.
Johann war ein Mann der Prinzipien und trat der deutschen Fürstenopposition, die von Kurfürst Moritz von Sachsen initiiert wurde, nicht bei. Auch Herzog Albrecht von Preußen konnte ihn nicht umstimmen. 1556 verzichtete er in Abstimmung mit seinem Bruder auf die Markgrafschaft Brandenburg-Kulmbach, auf die er zunächst Ansprüche erhoben hatte.
Johann von Brandenburg-Küstrin verstarb nur zehn Tage nach seinem Bruder am 13. Januar 1571 und wurde in einer Gruft unter dem Altar der Küstriner Marienkirche beigesetzt. Diese Gruft, die 1555 errichtet wurde, geriet nach der Beschießung Küstrins im Jahre 1758 in Vergessenheit und wurde erst 1880 unter Kaiser Wilhelm I. erneuert. Während der Kämpfe um die Festung Küstrin im Zweiten Weltkrieg, wurde neben der Kirche auch die Stammgruft zerstört. Da Johann keine erbberechtigten männlichen Nachkommen hinterließ, wurde Brandenburg-Küstrin wieder mit dem Kurfürstentum vereinigt, das nun von Johann Georg, dem Sohn Joachims II., regiert wurde.
Sein Erbe war bemerkenswert: Johann hinterließ ein Vermögen von mehr als einer halben Million Gulden, während sein Bruder mit Schulden von 2,5 Millionen Gulden starb. Johann von Brandenburg-Küstrin bleibt somit eine prägende Figur in der Geschichte der Markgrafschaften und des Protestantismus in Deutschland.
